建设生态农业，实现传统农业向现代农业的转变，是农业生产领域和农村社会经济发展过程中的生产方式和生产力的一次新的飞跃和变革，这就必须有各方面的保障并与之相配套、相适应和协调发展的良好机制。
(一)政策法律的保障
强化法制观念，认真贯彻执行《森林法》、 《环保法》、《水保法》、《土地管理法》、《水法》《农业法》、《草原法》等有关法律法规，依法保护农业资源，保护生态环境，严厉打击一切破坏农业生态环境的行为。通过宣传教育，使法律政策深入人心，使干部群众知法、懂法、依法办事。宣传、新闻等部门采取多种形式，广泛宣传生态农业建设的作用和意义，不断增强全民的生态意识，形成广泛共识，化做自觉行动。
(二)人才科技保障
围绕生态农业建设的总体规划，以提高全民文化素质与现代科技素质为基本着眼点，狠抓农业科技普及推广，通过各种培训，培养适应生态农业发展所需要的各类人才。依托各农技高中、技校各乡镇职联校等培训基地，为生态农业建设第一线输送合格人才。同时，充分发挥乡土人才的示范辐射作用，对广大农民进行实地现场教学。以"能人效应"壮大农村科技骨干队伍。坚持走出去，请进来相结合的道路，加速培养高素质的拔尖人才，充分发挥生态农业技术顾问的作用，确保各项生态工程建设和生态技术的有效施行。
(三)各项投入保障
一是劳力投入。建立生态农业建设积累工投入制度，本着谁投入，谁受益的原则，鼓励农民投资，扩大治理农业生态环境的劳力投入。二是资金投入。不断增加县（市）、乡（镇）、村对生态农业建设的资金投入，逐年扩大生态农业建设的资金。拓宽生态农业建设资金来源渠道,确定一定数量的资金用于生态农业建设，同时积极争取国家及省对口部门的资金支持,并作好吸引外资投入的环境。三是物资投入。按生态农业建设的要求去稳定农业生产资料的供应。四是科技投入。逐年扩大科技进步因素在生态农业建设中的比重，用高、新科技武装生态农业。
(四)组织领导保障
建立生态农业建设指挥系统。（县）市委、县（市）政府成立生态农业建设领导小组，下设办公室，负 责生态农业建设的综合、协调、指导、服务工作，使其承担承上启下，沟通内外的任务。把生态农业规划纳入国民经济和社会发展的"十五"计划纲要中，政府统筹安排，统一部署。二是纳入目标管理，任务分解到人。树立"不抓生态农业不能当干部，抓不好生态农业不是好干部"的观念，认识生态农业建设的重要性，明确自己在生态农业建设中应承担的任务和所处的位置。组织、人事部门把生态农业建设工作任务完成情况纳入考核干部的重要内容，以此作为评估干部政绩，确定干部升迁的一项依据。三是坚持以点带面的工作方法，推动生态农业再上新水平。各级领导深入实际，培养典型，用典型说话指导面上的工作。各职能部门明确自己在生态农业建设中的地位，从本部门实际出发，为农民提供全方位、一条龙服务。