加快现代畜牧业发展是社会主义新农村建设的重要内容，也是广大牧民致富奔小康的必由之路，必须以邓小平理论和“三个代表”主要思想为指导，全面落实科学发展观，以科学发展观统领现代化畜牧业全局。改革开放以来，我区畜牧业紧紧围绕农牧业增效和农牧民增收，着力改造传统畜牧业，以农牧民持续增收为核心，狠抓结构调整，农村经济结构正在实现以种植业为主向以畜牧业为主的大转变，牧民的生产生活条件有了一定的改善和提高。但由于自然和历史原因，新疆畜牧业发展不平衡，草原畜牧业整体发展水平不高，在由传统畜牧业向现代畜牧业转变过程中，还存在一些不容忽视的问题。
一、影响新疆畜牧业发展的主要因素
1、畜牧业基础设施建设滞后
新疆畜牧业基础设施建设普遍滞后，水利、交通等基础设施的条件较农区更为困难，尤其是牧道和桥梁老化失修，损毁严重，给牧民生产生活带来很大困难。目前，大部分牧区水利设施已常年老化失修，加之水利设施欠账过多，国家近年来对牧区水利设施基本没有投入。
其次,各级畜牧、兽医、草原“三站”，尤其是基层单位普遍存在基础设施陈旧、设备老化、损毁严重的现象，紧急应对大灾大疫能力较弱，社会化服务也不能适应现代畜牧业发展的要求。
2、牧民定居水平不高
由于牧区自然环境恶劣，生产条件差，生产方式粗放，使畜牧业及牧区经济发展十分缓慢。主要表现：一是定居率低，定居进展缓慢；二是定居标准不高；三是定居区社会文化教育设施建设没有跟上，导致牧民定而不居，落后的生产方式没有得到根本改变，整个牧区经济和社会文化教育事业发展缓慢。据调查，自治区提出“十一五”期间所有牧民实现定居，全区需定居、完善配套定居及生态异地搬迁的牧户13万户，每年定居2.6万户。目前已实现真正意义“三通四有五配套”定居的牧户不足20%。由于水利配套设施建设不到位，草料基地开发率不高，牧民定居户大部分未完成饲草料基地建设。其次，牧民对草料种植技术的掌握不熟练，致使牧民的部分草料地只能被动地转包出去种植农作物，对现代畜牧业推动作用不明显。
3、草场退化,草畜矛盾突出。
目前，从事草原畜牧业的牧民仍沿袭着靠天养畜、转场游牧生产生活方式，加之早期畜牧业发展只注重数量，使得当前的草畜矛盾更为突出，超载过牧现象十分严重。新疆属典型的干旱半干旱荒漠绿洲生态环境，各种自然灾害频发，生态环境极为脆弱，2/3的草场存在不同程度的退化。另据调查，农区牲畜仍通过草原牧场代牧，加大了天然草场载畜压力。目前，牧区四季草场分别超载30%-104%不等，天然草地退化已占可利用面积的71%，这些因素制约了畜牧业发展和牧民收入的持续增长。
在退牧还草项目的实施上，主要有两个方面的问题。一是实施的补助标准一刀切。二是退牧还草项目的相关配套建设没有跟上，区域内总体生物量未增加，这样退下来的牲畜就去消耗别的草场，增加了其它地区的草场压力，使退化更严重。
4、畜牧业产业化程度较低，生产力发展缓慢，牧民组织化程度差。
我区畜牧业普遍存在着生产分散，经营规模小，牧民组织化程度低，产业化龙头企业的规模小，抵御市场风险的能力弱，缺乏知名品牌和具有国内市场竞争力的龙头企业，产品在国内市场的占有率还比较低，畜产品奶产品加工转化能力弱，产品附加值低等问题。特别是龙头企业和农牧民的利益联结机制还不完善，时常出现企业生产加工和基地原料生产脱节现象。中介组织发展滞后，市场不规范，牧民理解接受程度低。另外，畜产品市场不稳定，经常出现结构性过剩和季节性卖难，特别是畜产品价格不稳定，地区差异过大，给产业化的发展和牧民增收带来一定影响。以牛奶价格为例，阿勒泰地区每公斤收购价为1.55元，而伊犁州仅1-1.3元不等，高低相差50%。
5、基层防疫网络不完善，重大动物疫病防疫任务十分艰巨。
新疆边境线长达5600千米，与8个周边国家接壤，这些周边国家几乎都是动物疫病的高发区和多发区，有的甚至是疫源地，这些传染源既有来自于人工饲养的动物，也有来自于野生动物。加之基层防疫网络建设不完善，使新疆面临着多方的疫病威胁，因此疫病防控形势十分严峻。
随着人流、物流的快速移动，也给疫病的传播打开了方便之门。而我们最基层的防疫员队伍存在着人员奇缺、水平有限、经费拮据的尴尬境地，疫病出现后不能快速反映和果断处置，造成疫病的蔓延，损失更大。再加之现有的疫病捕杀标准过低，老百姓有出现疫情瞒报、漏报、迟报的现象。
6、种群结构不合理，养殖规模小，集约化程度低。
（1）牲畜存栏中，牛的比例只占到10%左右；
（2）对于绵羊的品种改良，由于长期未得到国家和当地财政的投入和相关良种补贴政策，使得这项工作难以正常进行，严重影响了绵羊的良种化水平；
（3）原有的优良品种退化严重，品质下降；
（4）大多数国营种羊场，由于历史的原因，经营困难，就连职工的社会保险的问题都不能得到妥善解决，长期下去，将会影响我区绵羊的良繁体系的建设。
7、牧民整体素质不高，牧区劳动力培训和新型牧民培训工作亟待加强。
牧区牧民科技培训次数少，上下脱节，没有系统的培训规划和计划，加上我区草原畜牧业地区牧民大都生活在交通不便的边远落后地带，牧民得到致富的畜牧业实用技术的机会相对较少，在各级和各类技术培训上表现严重不足。
8、基层畜牧业人才缺乏，服务体系力量较弱。
畜牧业的可持续发展，必须要有现代科学技术的支撑。据调查，地州畜牧系统基层站所中级以上职称占20%，本科毕业生不到3%，绝大多数是中专生，其中大部分是聘用人员，由县乡财政一月给予300元补助。专业技术人才缺乏，并且严重的老龄化，科技人员技能不高，知识老化，牧区科技机构建设缓慢，成为制约草原畜牧业发展的瓶颈。调查发现，一方面是基层科技人员的工作没有受到足够的重视，现有的各种条件还不能使基层科技人员全身心地投入工作，责、权、利划分不清，待遇低，生活和工作条件艰苦；另一方面，现有的招录体制存在着缺限，基层科技人员编制少，该进的人进不来，仅有的编制往往被其他非专业技术人员占据，而真正的畜牧人才无用武之地，村级防疫员成为牲畜防疫任务的执行主体，但是村级防疫员的工资待遇绝大多数地方一直未能解决落实，队伍不稳定，影响防疫工作的正常进行。三是经费严重不足，正所谓“有钱养兵，无钱打仗”。
二、促进新疆现代畜牧业发展的对策建议
1、从传统畜牧业向现代畜牧业转变，加大畜牧业公共设施基础投入。
大力推进以饲草料基地建设为中心，以水利设施建设为先导，以牧区道路建设为基础的牧民集中定居工程，适度调整财政支出结构，加大牧区基础设施建设投入。加强畜牧业规模化养殖小区的水、电、路等公共设施建设，认真实施退牧还草工程，加大对草原的建设和保护力度，加快草业的发展，建立草原生态补偿机制，维护生态安全。积极向中央申请专项资金，用于牧区水利设施、天然草原节水灌溉设施和草场改良、饲草料良种繁育基地等符合各地实际的建设项目，加快草原畜牧业机械化建设步伐。
2、加快牧民定居工程建设
把牧民定居作为改造提升传统畜牧业的关键环节来抓，按照定得下、稳得住、能致富的要求，首先要解决满足生产需要的饲草料地，其次要满足牧民群众生活需要、子女上学、群众就医方便、能享受到电视、广播文化带来的精神需求。推动牧民由游牧向定居、由半定居向完全定居转变，按照“三通四有五配套”的要求，把加强牧区水、电、路、住房、棚圈、草料地等基础设施建设作为突破口，加强牧区城镇化建设，将牧民定居点建设与社会主义新农村、新牧区建设结合起来，形成牧民定居新格局。
3、重点扶持新疆畜牧业产业化经营。
加大对新疆畜牧业产业化龙头企业的支持力度。适当降低新疆畜牧行业龙头企业参加国家级农业产业化重点龙头企业评比的标准，降低门槛，实行特殊的扶持政策。通过扶持 ，使自治区重点支持的10家畜牧龙头企业在“十一五”期间全部进入到国家级农业产业化重点龙头企业的名录中，享受国家的优惠政策。制定优惠政策，帮助新疆发展外向型畜牧业，鼓励国内的大型企业集团利用新疆的畜牧业资源优势，在新疆投资建设外向型畜产品深加工企业，开拓中亚、南亚、中东和独联体市场。启动与周边国家动物产品进出口检疫检验条款的谈判，消除与出口国家的国际贸易技术壁垒。优先支持新疆优质细羊毛、牛奶和优质牛羊肉出口基地建设。在基地建设上，国家和自治区金融、财政部门对出口基地建设企业在贷款、贴息等方面给予支持。在税收、土地、水电等方面给予优惠政策，吸引国内外的大企业、大集团参与新疆畜牧业的开发。
鼓励和引导龙头企业与基地和农牧民建立稳定的产销协作关系和多种形式的利益联结机制。创造条件，扶持和发展畜牧专业合作组织与行业协会，维护农牧民利益，推进畜牧业产业化发展。
4、加强牧民科技培训和职业技能培训，提高牧民增收的能力。
加大培训力度，提高基层干部和牧民素质。一是加强对牧民科技培训和职业技能培训。通过发放适用科技资料、在电视台广播电台开设牧业科技知识专栏等方式将农牧科技实用技术普及到牧民手中。发放到少数民族乡镇的文件和各类科普资料应翻译成当地少数民族文字，便于学习。二是以牧民生产技能和转移就业技能培训为重点，充分利用现代信息网络技术和“新型农牧民科技培训工程”等开展培训，提高生存、创业、就业能力，拓宽牧民就业和增收渠道。三是做好牧区基层干部的培训工作，转变观念，提高素质。
5、加强畜牧“三站”技术推广体系建设。
畜牧业的发展，牧民的增收都必须以科技为支撑，组织、推广、实施新技术就必须有一支技术过硬的科技队伍，加快科技成果的转化。为此，加强畜牧“三站”技术推广体系建设是当务之急，必须增加投入，改善工作条件，更新设备手段，加快畜禽品种改良，动物疫病诊断及综合防治，饲料配制，草原建设和集约化饲养等技术的推广，强化畜牧业科技教育和培训，提高畜牧业技术人员和牧民的整体素质，用科学发展观指导畜牧业又好又快的发展。
6、结合牧区新情况对牧业政策进行与时俱进的调整与完善
目前有关牧区发展的政策不太统一，有些政策法规之间甚至存在着矛盾而不利发展。建议党政部门根据当前牧区工作实际，对牧业转型、结构优化、牧民定居、饲草料基地建设、退牧还草和牧民培训等工作进行统筹考虑，对现有政策做出必要的调整，出台一个涵盖支持牧区结构调整、牧业生产、草场征收补偿和牧民定居的政策，为促进牧区发展、牧民富裕提供强有力的政策支持。尤其是要适当提高草场的征用、开发的补偿，为失去草场的牧民提供一定的生活保障。应适当放宽牧民定居占用土地的标准。同时，对于退牧还草补助也要因地制宜，不能采取一刀切。建议自治区发展生猪扶持政策时，重点考虑新疆2－3个县列入国家养猪生产重点县的计划，尽快解决新疆猪肉市场供应紧张的局面。同时建议自治区比照对生猪给予补贴的政策，也应给予牛羊养殖户一定的政策补贴。由于我区从事草原畜牧业的主要是少数民族，这对加强民族团结，巩固边疆，保持社会长期稳定、构建和谐社会具有十分重要的意义。
7、加强动物防疫及动物卫生监督体系建设。
（1）加快动物防疫基础设施建设，建立动物疫病预防和控制中心
（2）加快乡镇畜牧兽医站建设。尽快建立一个从装备条件、技术水平、运行效率与其职能相适应的基层动物防疫技术支撑体系。
（3）进一步完善地（州、市）及县（市）级动物防疫基础设施建设。
（4）建立省际间和区内重要公路动物防疫监督检查站。
（5）动物疫情测报站及边境动物疫情监测站的建设。一是尽快建立畜禽及畜禽产品可追溯制度和分步实施畜禽标识和养殖档案管理工作。三是加大专项经费投入力度，确保动物防疫、疫情监测、检疫监督等各项工作正常运转。
8、加大畜禽良种工程建设力度。
大力扶持新疆开发独具区域特色和区位优势的畜禽产业，建设牛奶、优质牛羊肉、细羊毛（绒）“三大优势产业带”，建成新疆重要的牛羊肉、牛奶等畜产品基地和全国重要的细羊毛生产基地。
尽快提高新疆草原牧区和南疆三地州牲畜良种化水平，加快畜禽改良步伐。目前新疆畜牧业良种补贴项目，主要用于牛的冻精补贴，对绵羊的品种改良没有相关补贴。建议自治区从良种工程的专项资金中对绵羊（细毛羊、地方肉羊）的种羊给予补贴，或采取中央、自治区配套的形式，对于农民自购良种，也可采取贷款贴息的办法，以加快新疆绵羊良种化进程。